En tant que phytopathologiste, Kante Moussa est impliqué dans la recherche agronomique sur les enjeux phytosanitaires, la protection des végétaux et l'environnement en général et plus spécifiquement sur la bactériose vasculaire du manioc (Cassava Bacterial Blight).  Il s'intéresse à la connaissance du statut de cette maladie (CBB) des nouvelles zones géographiques. Le but ultime de ses recherches est de mieux comprendre la dynamique d’évolution de ce pathogène dans les zones de productions afin d’aider les sélectionneurs pour générer des variétés avec une résistance durable face à la maladie CBB.